李渊起兵，需要招兵买马，更需要后勤支持。特别是粮草、兵器等都十分急缺。为了支持李渊起兵，裴寂打开晋阳行宫的仓库，将行宫中的十四万甲胄、九万斛粮食、五万段布匹，并且连同自己的全部家产都资助给了李渊。

可以说，裴寂不仅是李渊起兵的主谋，还是李渊背后最强有力的支持者。

再加上裴寂素来和李渊交好，李渊占领长安后，立即封裴寂为长史。后来李渊称帝，封裴寂为尚书省右仆射，担任宰相，李渊多次称裴寂是唐朝建立的“第一功臣”。《旧唐书》云：

高祖视朝，必引与同坐，入阁则延之卧内，言无不从，呼为裴监而不名。当朝贵戚，亲礼莫与为比。

也就是说，李渊上朝的时候，裴寂可以同坐，对裴寂言听计从，其他的开国功臣，没有人能与裴寂相比。

裴寂虽然功高，但其能力有限，武德二年，刘武周入侵太原，裴寂主动请缨，率军征讨刘武周。在介休之战中，裴寂全军覆没，丢盔弃甲奔逃一夜，才逃到晋州，导致晋州以东的州县全部沦陷。

裴寂回到长安后，群臣激愤，李渊为了给众人一个交代，立即将裴寂下狱问罪，但不久，裴寂就官复原职，重新回到李渊身边。

裴寂身为宰相，在朝政上碌碌无为，他处理事务时漏洞百出，屡屡引起同僚不满。例如户部尚书刘文静对裴寂就十分不满。当初李渊起兵，最早是李世民和刘文静谋划，后来才邀请裴寂一起设下圈套，诱导李渊造反。但李渊称帝后，裴寂的官职、待遇、赏赐都超过了刘文静，引起刘文静的不满。

一日，刘文静在家中喝的伶仃大醉，醉酒后拔起腰刀，对着柱子乱砍，声称要把裴寂碎尸万段。这件事被刘文静的一个失宠小妾告发，说刘文静要造反。李渊得知后，立即捉拿刘文静，并且派裴寂、李纲、萧瑀一起审讯刘文静。李纲、萧瑀都认为刘文静并无谋反的迹象，连李世民也出面保全刘文静。裴寂知道后，暗暗向李渊进谗言：

''文静才略，实冠时人，性复粗险，忿不思难，丑言悖逆，其状已彰。当今天下未定，外有勍敌，今若赦之，必贻后患。''

裴寂认为，刘文静的才能和谋略都非常高，他的狂悖之言已经证实，如今天下未定，外有强敌，如果不趁此机会除掉刘文静，将后患无穷。

李渊听了裴寂的话，果断将刘文静抄家问斩。

裴寂当年劝李渊谋反，本身就是个投机主义者。接下来，他又嫉贤妒能，借李渊之手清除异己，刘文静因此而死。刘文静身为唐初功臣，被裴寂诬陷而死，裴寂因此被人称为“奸臣”。

李世民登基后，裴寂虽然还享受着较高的待遇，但在李世民心中，裴寂的地位并不及长孙无忌、房玄龄等文臣，也没有登上凌烟阁功臣榜。贞观三年，僧人法雅以妖言惑众罪被处死，在调查法雅案时，发现裴寂曾多次倾听法雅的言论，李世民大怒，将裴寂免职，并勒令裴寂返回老家。